我国微生物肥料产业有几大特点：一是产品种类多，与其他国家相比，我国的微生物肥料使用菌种多，菌种产品种类多，尤其是在研制开发微生物与有机营养物质、微生物与无机营养物质的复合而成的新产品方面。二是应用面积广，每年应用面积累计2亿亩，几乎在所有作物上都有应用，在提高化肥利用率、降低化肥使用量和减少化肥过量使用导致环境污染方面，已取得了较好的效果，研制开发具有广阔前景。三是生产规模大，目前我国已形成较大生产规模，产能1500万吨以上。四是技术创新急待提高，新的功能菌种、科学合理的工艺、产品质量的提高、生产成本的降低、应用效果的稳定等问题，仍是我国微生物肥料产业面临并且是急需解决的课题。

目前中国微生物肥料应用主要集中在三大区域：一是南方水稻种植区域，应用面积达到4700万亩，用量超过10万吨。二是大中城市周边区域，该区域多为蔬菜、水果等经济价值较高的种植区域，应用微生物肥料可提高农产品品质，减少土传病害的发生，增加农产品的经济价值。三是珠三角、长三角的污染耕地区域，正在探索应用微生物肥料抑制重金属、降低农药用量，保护生态环境的技术方法和措施。

生物菌肥在农业上的作用已逐渐被人们所认识。现国际上已有70多个国家生产、应用和推广微生物肥料，我国也有250家企业年产约数十万吨微生物肥料应用于生产。这虽与同期化肥产量和用量不能相比，但确已开始在农业生产中发挥作用，取得了一定的经济效益和社会效应，已初步形成正规工业化生产阶段。随着研究的深入和应用的需要不断扩大新品种的开发，生物菌肥现已形成(1)由豆科作物接种剂向非豆科作物肥料转化;(2)由单一接种剂向复合生物肥转化;(3)由单一菌种向复合菌种转化;(4)由单一功能向多功能转化;(5)由用无芽胞菌种生产向用有芽胞菌种生产转化等趋势。